针对您提出的问题，关于军婚中男方是军人、女方起诉离婚且法院已立案，但男方军人不续签通知书该如何处理的情况，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，军人离婚与普通人的离婚程序在某些方面存在差异，主要涉及到军人所在部队政治机关的调解和证明出具。根据您描述的情况，我们可以按照以下步骤来处理：

1. 了解军婚离婚的特殊规定：

   • 军人离婚需要首先经过所在部队政治机关的调解。
   • 调解无效且符合婚姻法规定的离婚条件时，政治机关会出具同意离婚的《军人婚姻登记证明》。

2. 针对男方军人不续签通知书的情况：

   • 如果男方军人不同意离婚，政治机关一般不会出具同意离婚的《军人婚姻登记证明》。但这种情况下，女方已经向法院提起了离婚诉讼，并且法院已经立案。
   • 在法院立案后，男方军人是否续签通知书对离婚诉讼的进程影响有限。法院会根据婚姻法及相关法律规定，对双方的婚姻关系进行审理和判决。

3. 接下来的处理步骤：

   • 女方应继续按照法院的诉讼程序进行，包括提交证据、参加庭审等。
   • 男方军人如果希望挽回婚姻，可以在诉讼过程中表达自己的意愿，并提供相关证据。但如果男方军人坚持不离婚且没有重大过错，这可能会影响法院的判决结果，但并非决定性因素。
   • 法院会根据双方的陈述、证据以及婚姻法等相关法律规定，对婚姻关系是否应当解除进行判决。

4. 注意事项：

   • 军婚离婚涉及的法律程序可能相对复杂，建议双方咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
   • 在整个过程中，双方应保持冷静和理性，尽量通过协商和调解来解决分歧。

综上所述，虽然男方军人不续签通知书可能会对双方的婚姻关系产生一定影响，但在法院已经立案的情况下，女方应继续按照诉讼程序进行，并等待法院的判决结果。同时，双方也可以考虑通过协商和调解来寻求更和平、理性的解决方案。