在中标单位的工期与招标文件的工期不一致的情况下，签合同时应依据以下原则确定工期版本：

1. 以招标文件为准：

   • 招标文件是招标活动的法律依据，其中明确规定了工程的工期要求。
   • 中标单位在投标时应已充分了解并接受招标文件中的工期要求。
   • 因此，在签订合同时，原则上应按照招标文件中的工期版本进行约定。

2. 考虑实际情况与协商：

   • 若中标单位在投标时提出了与招标文件不同的工期方案，并得到了招标方的认可，那么在签订合同时，可以依据双方协商一致的工期版本进行约定。
   • 如果在实际施工过程中，由于不可抗力、设计变更等原因导致原工期无法执行，双方应协商调整工期，并在合同中明确修改后的工期版本。

3. 法律后果与建议：

   • 若因工期问题导致合同争议，法院或仲裁机构将依据合同约定及相关法律法规进行裁决。
   • 为避免潜在的法律风险，建议在签订合同时，双方应明确工期版本，并尽可能将工期调整机制、违约责任等条款纳入合同中。
   • 如遇工期争议，建议及时咨询专业律师，以便得到针对性的法律建议和支持。

综上所述，签合同时工期版本的确定应首先以招标文件为准，同时考虑实际情况与双方协商。在任何情况下，都应确保合同条款的明确性和合法性，以维护双方的合法权益。