政府部门可以认定胎儿亲子鉴定，但通常需由具备相关资质的司法鉴定机构进行，并遵循严格的程序。

一. 胎儿亲子鉴定的认定

1. 司法鉴定机构进行：胎儿亲子鉴定通常需由具备司法鉴定资质的机构进行，这些机构通常与政府部门有合作或认证关系，其鉴定结果具有一定的法律效力。
2. 严格程序：进行胎儿亲子鉴定时，需遵循严格的程序，包括被鉴定人的身份确认、样本采集、鉴定过程等，以确保鉴定结果的准确性和公正性。

二. 胎儿亲子鉴定的相关要求

1. 身份证明：被鉴定人需出示身份证（或工作证）等证明身份的证件，以确认其身份和相互关系。
2. 亲子鉴定委托书：需出具由法院、检察院、公安部门或律师事务所签发的亲子鉴定委托书，注明父母和孩子的姓名、地址、身份证以及申请原因等。虽然胎儿尚未出生，但委托书仍需明确这些信息，并说明鉴定目的。
3. 样本采集：胎儿亲子鉴定的样本采集较为特殊，可能涉及孕妇的羊水、绒毛等样本，需由专业医护人员在严格条件下进行。

三. 法律效力的认定

1. 鉴定结果的法律效力：由具备司法鉴定资质的机构出具的胎儿亲子鉴定结果，通常具有一定的法律效力，可作为处理相关法律事务的依据。
2. 政府部门的认定：政府部门在需要认定胎儿亲子关系时，通常会采纳由这些机构出具的鉴定结果。

我建议：如果您需要进行胎儿亲子鉴定，并希望其结果得到政府部门的认定，请务必选择具备司法鉴定资质的机构，并遵循其规定的程序和要求进行鉴定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。