历史遗留案件申诉主体因案件性质和具体情况的不同而有所差异。以房地产登记历史遗留问题为例，根据《深圳市人民政府关于加强房地产登记历史遗留问题处理工作的若干意见》的相关规定，申诉主体可能包括以下几类：

1. 购房者：

   • 当原房地产开发建设单位已被吊销营业执照或者已注销且无承继单位时，购房者可以作为申请主体，申请办理相关手续。

2. 住房主管部门或相关街道办事处：

   • 对于市、区住房主管部门统一开发的政策性住房，由市、区住房主管部门作为申请主体；
   • 原镇政府统一开发建设的房地产，由相关街道办事处作为申请主体。

3. 原建设单位或其承继单位、主管单位：

   • 政府机关、企事业单位自行开发建设的房地产，原建设单位作为申请主体；
   • 若原建设单位已不存在，则由其承继单位或主管单位作为申请主体。

4. 投资控股公司或上级产权单位：

   • 市、区属国有企业改制过程中，剥离到市、区投资控股公司（包括原市级资产经营公司）或上级产权单位的房地产，由投资控股公司或上级产权单位作为申请主体。

5. 合作开发方：

   • 在合作开发建设的房地产项目中，如果合作一方或者多方已被吊销营业执照或者已注销且无承继单位，其他合作方可以作为申请主体。

此外，在涉及企业历史遗留问题的申诉中，如政府机构不履行招商引资承诺、合作协议、账款支付等问题，申诉主体通常为企业、企业家或项目投资主体。这些主体在提供线索时，需具实署名，并尽可能详尽地描述问题情况，同时提供相关佐证材料。

综上所述，历史遗留案件申诉主体需根据具体案件情况和相关法律法规来确定。在申诉过程中，建议咨询专业律师或相关机构以获取更准确的指导和帮助。