在经济纠纷中，如果起诉立案后对方付款了，您需要根据具体情况来应对。以下是一些详细的建议：

首先，您需要明确对方付款的具体意图。如果对方是出于自身意愿主动履行部分债务或赔偿义务，那么您可以与对方进行协商，并签订一份书面协议。这份协议应明确注明这部分款项是对总债务或赔偿款的部分清偿，并详细列明剩余款项的支付安排等相关事宜。这样做有助于避免后续可能出现的纠纷，并确保双方的权益得到保障。

其次，如果对方付款是在法院进行调解或判决之前支付的，您需要及时告知法院这一情况。法院在后续处理案件时，会将这一支付情况纳入考量，例如在确定最终的赔偿金额或债务数额时，会减去已经支付的部分。因此，及时告知法院对方付款的情况，有助于法院更准确地判断案件并作出公正的裁决。

此外，无论对方付款的意图如何，您都应该妥善保留收款的相关凭证。这些凭证包括转账记录、收条等，它们在后续的法律程序中可能会成为非常重要的证据。如果将来出现任何纠纷或需要证明收款情况，这些凭证将能够有力地支持您的主张。

最后，如果您在处理这一过程中遇到任何困难或不确定的地方，建议咨询专业的法律人士或律师。他们可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的权益。

总之，在经济纠纷中，如果起诉立案后对方付款了，您需要明确对方付款的意图、及时告知法院、妥善保留收款凭证，并在必要时咨询专业法律人士的意见。这样做有助于确保您的权益得到最大程度的保障。