公司有债权债务的情况下，是可以进行过户操作的，但这并不绝对，其合法性需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细解答：

一、公司债权债务与过户的基本关系

公司债务是民法上债权债务与公司的组合，受到《民法典》的调整。当一个公司存在债权债务时，理论上该公司是可以进行过户的，即公司股权或资产的转让。然而，在实际操作中，这一行为是否合法，以及能否顺利进行，需要综合考虑多种因素。

二、债务转让的条件

根据《民法典》的相关规定，债务转让需要满足以下条件：

1. 存在有效的债务：被转让的债务必须是真实、合法且有效的。
2. 债务具有可转让性：某些特定类型的债务可能具有不可转让性，如与个人身份密切相关的债务。
3. 经债权人同意：债务转让必须得到债权人的明确同意，否则转让行为可能无效。
4. 通知债务人：债务转让完成后，必须及时通知债务人，以确保其知晓债务已经转让的事实。

三、股权转让中的债务处理

在公司股权转让过程中，涉及公司债权债务的情形多种多样，应区分不同情形进行相应处理：

1. 公司欠股东借款：股东可以债权人的身份提出受让条件，即股权与债权一并转让，要求受让方在支付股权转让价款的同时，向公司提供资金以偿还欠原股东的债务。
2. 股东欠公司借款：股东在股权转让前应了断此款项，可以通过事先作出承诺，并在结算转让价款时一并偿还。
3. 与原股东相关的或然债务风险：股权转让前，公司或原股东可能为他人提供担保。此时，股权交易的双方应约定如何处理这些担保，以规避潜在的债务风险。
4. 与转让股东无关联的债权债务：这些债权债务与股权转让不构成相互制约。但原有股东负有告知义务，应充分披露公司债权债务的相关信息，以便意向受让方预判风险并作出选择。

四、过户的合法性与风险

从法律角度来看，如果过户行为不影响债权的实现和债务的清偿，且经过了相关债权人的同意或符合法律规定的其他条件，那么这种过户是合法的。然而，如果过户行为可能损害债权人的利益，如导致债权人无法顺利实现债权，那么这种过户可能会被认定为无效。

因此，在进行公司过户或股权转让时，建议咨询专业的法律专家或律师，以确保过户行为的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险。