公司有司法案件但已结案了，一般情况下是可以注销的。但具体能否注销，还需综合考虑公司的其他情况以及相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细分析：
可以注销的情况
司法案件已完结且履行完义务：
- 当公司涉及的司法案件已经审理完毕，并且公司已按照生效的法律文书全面履行了所有义务时，公司可以进行注销。此时，公司的权利义务关系已经明确，注销不会损害其他当事人的合法权益。
清算程序已完成：
- 公司在注销前，需要按照《中华人民共和国公司法》等相关法律规定，进行清算程序，处理债权债务，制定财产分配方案等。只有在清算结束后，确认公司无剩余财产或剩余财产已依法分配，且债权债务已全部处理完毕的情况下，公司才能向登记机关申请办理注销登记。
不可以注销的情况
存在未履行的生效法律文书确定的义务：
- 如果公司仍有生效的法律文书确定的义务尚未履行，如拖欠员工工资、未支付货款等，公司不能注销。必须先履行这些义务，否则相关部门将不会批准其注销申请。
其他法定不能注销的情形：
- 根据相关法律法规，如果公司存在其他法定不能注销的情形，如涉及国家安全、公共利益等，也不能进行注销。
注意事项
注销程序需合法合规：
- 公司在注销过程中，应严格按照法定程序进行，确保注销的合法性和合规性。否则，可能会面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等法律风险。
妥善处理债权债务：
- 在注销前，公司应妥善处理债权债务，确保债权人的合法权益得到保障。如果债权人的权益受到损害，公司可能需要承担相应的法律责任。
综上所述，公司有司法案件但已结案了，在一般情况下是可以注销的。但具体能否注销，还需综合考虑公司的其他情况以及相关法律法规的要求。如果公司在注销过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律意见和帮助。