首先，如果本应该采取协议供货的方式却走了招标流程，这确实可能带来一些法律和操作上的问题。不过，具体如何处理，我们需要从多个角度来分析。
合同法律效力：首先，要审查已经通过招标流程签订的合同是否具备法律效力。如果合同内容合法，且双方都是自愿签订的，那么这份合同在法律上可能是有效的。但这并不意味着没有违反原本应该采取的协议供货方式的相关规定。
违规责任：接下来，需要评估因未遵循协议供货方式而可能产生的法律责任。这可能涉及对相关部门或个人的行政责任，甚至可能涉及违约责任，具体取决于相关法律法规和合同条款的约定。
补救措施：针对已经发生的情况，可以考虑采取一些补救措施。例如，如果合同尚未履行或尚未完全履行，可以与对方协商修改合同条款，以符合协议供货的要求；或者，如果可能的话，也可以考虑终止合同并重新按照协议供货的方式进行采购。
未来预防：最后，为了防止类似情况再次发生，需要加强对采购流程的管理和监督。确保在未来的采购活动中严格遵守相关法律法规和内部规定，确保采购方式的合法性和合规性。
综上所述，处理这类问题需要从多个角度进行综合考虑。如果你在具体操作中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供更详细的法律分析和建议。