关于您提出的“驾驶机动车违反道路交通信号灯通行扣3分是怎么回事”的问题，以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，交通信号灯在维护道路交通秩序和保障行车安全方面起着至关重要的作用。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，所有车辆和行人都必须严格按照交通信号灯的指示通行。

对于驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的行为，一般情况下，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，这种违法行为会被记6分。这是交通管理部门为了维护交通秩序和保障行车安全而设定的一种直接且具体的惩罚措施。

然而，也存在一些特殊情况。例如，如果驾驶员在直行道上违规左转等路口违法行为，这将被视为违反禁令标志，依据相关规定，这种情况下会被记3分，而非6分。这体现了法律对不同违法行为的精准区分和相应处罚。

此外，除了记分处罚外，违反交通信号灯通行的驾驶员还可能面临罚款、警告等其他法律责任。具体来说，对于被摄像头记录下来的闯红灯行为，除了可能的记分处罚外，还会面临200元的罚款。而对于一般违反道路通行规定的行为，根据《道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人将处以二十元以上二百元以下的罚款。

综上所述，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的行为会根据具体情况被记3分或6分，并可能伴随罚款等其他法律责任。因此，建议驾驶员在驾驶过程中严格遵守交通规则，注意观察路况和交通信号，确保行车安全。同时，也建议驾驶员在遇到复杂路况或不确定的交通信号时，保持谨慎态度，及时咨询交警或查阅相关法律条文，以避免不必要的法律风险和损失。