首先，我要明确的是，商人通过官员中标工程获利，这种行为很可能涉及违法犯罪，比如行贿受贿、串通投标等。针对你提出的“钱会被没收吗”的问题，以下是我的详细分析：
如果涉及违法犯罪：
- 在很多情况下，如果商人通过非法手段（如行贿）获得工程，并且因此获利，那么这些违法所得是可能会被依法没收的。这不仅包括直接通过该工程获得的利润，还可能包括与此相关的其他非法所得。
- 同时，商人还可能面临刑事责任，比如被判处有期徒刑、罚金等。
如果未涉及违法犯罪：
- 当然，也存在商人并未通过非法手段，而是正常竞标、合法中标并获利的情况。在这种情况下，商人获得的利润是合法的，不会被没收。
法律程序与证据：
- 是否没收违法所得，以及是否追究刑事责任，都需要经过严格的法律程序，并依据充分的证据来判定。
- 如果商人被怀疑存在违法犯罪行为，相关部门会进行调查取证，并根据调查结果作出相应处理。
综上所述，商人通过官员中标工程获利，钱是否会被没收，取决于该行为是否涉及违法犯罪。如果涉及违法犯罪，那么违法所得很可能会被依法没收，并且商人还可能面临刑事责任。因此，我建议商人要遵守法律法规，通过合法途径参与工程竞标和获利。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。