有的案件一开始被判有罪，申诉后才判无罪，这通常是因为原审判决存在事实认定错误、法律适用错误或程序违法等问题，在申诉过程中被上级法院或再审法院纠正。以下是详细分析：

一. 事实认定错误

1. 原审证据不足或存在瑕疵：在原审中，可能由于证据收集不全面、证据保管不善、证人证言不可靠等原因，导致法院在事实认定上出现偏差。申诉后，新的证据可能出现，或者原有证据被重新审查，从而揭示出原审事实认定的错误。

2. 证据解读差异：不同的法官可能对同一份证据有不同的解读。申诉过程中，上级法院或再审法院可能对原审证据进行更为深入和细致的审查，从而得出与原审不同的结论。

• 例如，在一起案件中，原审法院可能认为被告人的供述是自愿的，而申诉后，再审法院可能发现供述存在逼供、诱供等非法取证情形，从而推翻原审的有罪判决。

二. 法律适用错误

1. 法律理解偏差：原审法官可能对相关法律条文的理解存在偏差，导致法律适用错误。申诉后，上级法院或再审法院可能纠正这一错误，改判无罪。

2. 法律变更：在原审判决后，相关法律可能发生了变更或废止。申诉时，如果新的法律规定更有利于被告人，那么法院可能会根据新的法律改判无罪。

• 例如，某案件在原审时，某项行为被认定为犯罪，但随后该行为被新法律规定为无罪，那么申诉后，法院就会根据新法律改判无罪。

三. 程序违法

1. 审判程序瑕疵：原审过程中可能存在程序违法情形，如未保障被告人的辩护权、未依法排除非法证据等。申诉后，上级法院或再审法院可能因程序违法而撤销原审判决，改判无罪。

2. 管辖错误：原审法院可能对案件没有管辖权，或者管辖权存在争议。申诉后，上级法院可能因管辖错误而撤销原审判决，将案件移送有管辖权的法院重新审理，并最终判无罪。

• 例如，一起案件原本应由中级人民法院管辖，但原审法院却错误地行使了管辖权。申诉后，上级法院可能因管辖错误而撤销原审判决，将案件移送中级人民法院重新审理。

综上所述，案件一开始被判有罪，申诉后才判无罪，往往是因为原审判决在事实认定、法律适用或程序上存在错误。在申诉过程中，这些错误被上级法院或再审法院纠正，从而实现了公正审判。我建议，如果当事人对原审判决不服，可以依法提出申诉，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。