关于劳动纠纷案件被告的主体资格问题，这是一个涉及劳动法领域的重要议题。在解答此问题时，我们需要结合相关法律法规、司法解释以及实际案例来进行分析。
首先，我们要明确的是，劳动纠纷案件的被告主体资格，通常取决于劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系或用工关系。根据《中华人民共和国劳动法》及相关司法解释，劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。
现在，我们结合一个具体案例来进一步说明这个问题。在案例中，甲公司将工程中的零星工程劳务用工分包给不具备用工主体资格的案外人李某，李某又组织了包括谢某在内的工人进行施工。当谢某在作业时受伤并申请工伤认定时，问题就出现了：谁应该承担用工主体责任？
劳动关系的判断：
- 谢某由李某直接招用，并由李某发放劳动报酬。这表明谢某与李某之间存在某种形式的雇佣关系，但与甲公司之间并没有直接的劳动关系。因为劳动关系要求劳动者与用人单位之间存在从属依附性，而谢某并不直接受甲公司的管理，也不从甲公司领取报酬。
用工主体责任的承担：
- 尽管谢某与甲公司之间不存在直接的劳动关系，但根据相关法律法规（如《人力资源社会保障部关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见》第七条），当具备用工主体资格的承包单位将承包业务转包、分包给不具备用工主体资格的组织或自然人时，如果该组织或自然人招用的劳动者在从事承包业务时因工伤亡，那么由该具备用工主体资格的承包单位承担用人单位依法应承担的工伤保险责任。
- 在本案例中，甲公司作为具备用工主体资格的承包单位，违反了法律法规的规定，将劳务分包给了不具备用工主体资格的自然人李某。因此，甲公司应承担对谢某的用工主体责任。
法律程序的说明：
- 当劳动者与用人单位之间发生劳动争议时，劳动者可以先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁委不予受理或劳动者对仲裁裁决不服，可以依法向人民法院起诉。
- 在诉讼过程中，人民法院会根据相关法律法规和事实证据来判断被告的主体资格，并作出相应的裁决。
综上所述，劳动纠纷案件被告的主体资格问题需要根据具体情况来判断。在本案中，尽管谢某与甲公司之间不存在直接的劳动关系，但由于甲公司将劳务分包给了不具备用工主体资格的自然人李某，因此甲公司应承担对谢某的用工主体责任。