个人所得税执行异议应由个人提出，公司需配合提供相关材料。具体分析如下：

一. 执行异议的提出主体

1. 个人提出：根据税法规定，个人所得税的纳税义务人是个人，因此，对个人所得税的执行异议应由个人提出。个人在发现税务机关的征税行为存在错误或不当之处时，有权提出异议。

二. 公司的角色与责任

1. 配合提供材料：虽然执行异议由个人提出，但公司作为个人所得税的扣缴义务人，有义务配合个人提供相关证明材料，如工资单、社保缴纳记录等，以协助个人证明其异议的合理性。
2. 协助沟通：公司还可以协助个人与税务机关进行沟通，解释异议的具体情况，促进问题的解决。

三. 处理流程

1. 个人提出异议：首先，个人应向税务机关提出书面异议，明确异议的内容、理由及依据，并附上相关证明材料。
2. 税务机关审核：税务机关在收到异议后，会进行审核，必要时可能会要求个人或公司提供进一步的证据材料。
3. 处理结果：税务机关根据审核情况，会作出处理决定，并通知个人和公司。如果异议成立，税务机关会相应地调整征税行为；如果异议不成立，也会给出明确的解释和理由。

四. 注意事项

1. 时效性：个人提出异议时，应注意时效性，确保在规定的期限内提出异议，否则可能会丧失异议的权利。
2. 证据充分：个人在提出异议时，应尽可能提供充分的证据材料，以支持其异议的合理性。

我建议，公司在处理个人所得税执行异议时，应积极配合个人提供相关材料，并协助个人与税务机关进行沟通。同时，公司也应加强内部的税务管理，确保依法合规地履行扣缴义务，避免类似的异议发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。