种子不合格，农业局有权销毁。以下是具体的分析：

1. 执法权限：

   • 农业局作为农业行政主管部门，负有对农业领域进行监管的职责，这包括对种子质量的监管。
   • 当发现种子不合格时，农业局有权依据相关法律法规采取必要的措施，以防止不合格种子流入市场，对农业生产造成危害。

2. 销毁行为的合法性：

   • 销毁不合格种子是农业局履行其监管职责的一种方式。
   • 通过销毁不合格种子，农业局可以确保市场上流通的种子质量符合标准，从而保护农民的合法权益，维护农业生产的稳定。

3. 相关法律依据：

   • 虽然直接针对“农业局销毁不合格种子”的具体法条未在提供的公域知识中明确列出，但根据农业局的执法权限和职责，以及打击假冒伪劣种子、保护农业生产安全的总体要求，农业局有权对不合格种子进行销毁处理。
   • 实际上，类似的行为在农业执法中是有法律依据的，通常会在相关的农业法律法规或行政执法规定中予以明确。

4. 实际案例：

   • 从提供的参考问题中可以看到，市农业综合执法总队已经实际执行了伪劣种子的销毁活动，这进一步印证了农业局有权销毁不合格种子的观点。

综上所述，种子不合格时，农业局有权进行销毁处理。这是农业局履行其监管职责、保护农民合法权益、维护农业生产稳定的重要举措。我建议在实际操作中，农业局应严格按照相关法律法规和程序进行销毁处理，并确保销毁过程的公开、透明和合法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。