二次退税是合法的。二次退税和首次退税并无本质区别，都是基于个人所得税法进行的操作，且都在个税APP上完成。二次退税的本质是对首次退税过程中可能出现的错误或遗漏进行修正。由于个税税法相对复杂，纳税人在首次退税时可能因理解不到位而只退还了部分应退税款，二次退税则是为了确保纳税人能够拿回全部应退的税款。

具体来说，二次退税是一种合法的所得税优惠政策，它允许个人在符合一定条件下，将已缴纳的个人所得税进行退还。这一政策的目的在于鼓励个人在国内进行投资，进而促进经济增长。退税政策虽然有利于鼓励个人投资，但也存在一些潜在的风险，如可能导致财政部门的收入减少，或者如果退税政策不受监管，可能会引发腐败和滥用。然而，这并不影响二次退税本身的合法性。

此外，二次退税的具体条件和标准会根据国家的相关规定进行制定，并且纳税人在申请二次退税时需要满足一定的条件。这些条件和标准通常会根据税法变动而调整，因此建议纳税人在进行二次退税前，先咨询专业的税务机构或人员，以确保自己的操作符合最新的税法规定。

总的来说，二次退税是合法的，并且是为了保障纳税人的权益而设立的一项政策。纳税人在进行二次退税时，应遵守相关的税法规定，并咨询专业的税务机构或人员以确保操作的合法性。