首先，需要明确的是，纪检部门到企业进行检查是其职责范围内的正常工作，通常是为了监督企业是否遵守相关法律法规和纪律规定。因此，企业一般不能拒绝纪检部门的检查。不过，企业可以依法依规地配合检查，并保护自身的合法权益。

如果纪检部门的检查存在不合规或侵犯企业合法权益的情况，企业可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 了解检查依据：

   • 企业可以要求纪检部门出示相关的检查文件或依据，以确认检查的合法性和正当性。

2. 配合检查但保留意见：

   • 在配合检查的过程中，如果企业对某些检查内容或方式有异议，可以当场提出并保留意见。
   • 同时，企业可以要求纪检部门对检查过程进行记录，以确保检查的公正性和透明度。

3. 寻求法律救济：

   • 如果纪检部门的检查确实存在违法或不当之处，企业可以向相关部门或上级机关反映情况，寻求法律救济。
   • 在必要时，企业也可以咨询专业律师（如我），通过法律途径来维护自身的合法权益。

4. 加强内部管理和合规建设：

   • 为了避免不必要的法律风险和纠纷，企业应该加强内部管理和合规建设。
   • 通过建立健全的内部控制制度、加强员工培训等方式，提高企业的合规意识和风险管理能力。

总之，企业在面对纪检部门的检查时，应该保持冷静和理性，依法依规地配合检查，并保护自身的合法权益。如果有任何疑问或需要帮助，请随时向我咨询。