对于违法建设的配套设施，其处理方式主要依据相关的法律法规以及具体的违法情况来决定。以下是一些通用的处理原则和方法：
首先，要明确“违法建设”的含义，它通常指的是未经相关部门批准，或者未按照批准的内容进行建设的行为。这包括但不限于建筑物、构筑物以及各类设施。对于这类违法建设，相关部门（如规划土地监察机构）有权进行查处。
针对违法建设的配套设施，处理方式可能包括：
责令限期拆除：
- 如果配套设施属于未经批准或未按照批准内容建设的临时建筑物、构筑物或设施，规划土地监察机构可以书面通知当事人限期自行拆除，并将限期拆除通知张贴在显著位置。
- 如果当事人在规定期限内未自行拆除，那么相关机构将有权进行强制拆除。
行政处罚：
- 除了拆除措施外，违法者还可能面临行政处罚，如罚款等。这通常根据违法建设的性质、情节以及相关法律法规的规定来决定。
- 以环境保护设施为例，如果企业未经验收就投入生产或使用需要配套建设的环境保护设施，根据《建设项目环境保护管理条例》等相关法规，企业可能面临罚款等行政处罚。
其他措施：
- 在某些情况下，如果违法建设可以通过整改达到合法要求，相关部门也可能给予整改的机会，并要求在规定时间内完成整改。
- 对于情节严重或造成严重后果的违法建设，除了上述措施外，还可能涉及法律责任追究等问题。
综上所述，对于违法建设的配套设施，相关部门将依据法律法规进行查处，并根据具体情况采取相应的处理措施。因此，建议在进行任何建设活动前，务必确保获得相关部门的批准，并严格按照批准内容进行建设，以避免不必要的法律风险和损失。