逾期办不动产证约定不支付违约金，通常是不合法的。在我国现行法律法规框架下，开发商或卖方延期履行办理房屋所有权证义务并拒绝支付违约金的做法，往往被视为不符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定与法律责任：

   • 通常情况下，商品房买卖合同或不动产买卖合同会明确约定卖方应当在何种期限内为买方办理房屋所有权证书，并且对于逾期未予办理的情形，也会设定相应的违约责任条款。
   • 如果卖方未能按期履行上述义务，即构成了违约行为，那么他们就应该按照合同中的约定，承担支付违约金等违约责任。

2. 违约金的性质与目的：

   • 违约金是合同双方为了保障合同履行而约定的一种惩罚性措施，其目的在于促使合同双方按时、按约履行各自的义务。
   • 当一方违约时，另一方有权要求违约方支付违约金，以弥补因违约而造成的损失或惩罚违约行为。

3. 特殊情况的考量：

   • 除非卖方能够提供确凿的证据来证明其逾期办证是由诸如自然灾害、战争等无法预见和控制的外部因素所导致，否则他们仍然需要对其违约行为负责。
   • 在这种情况下，即使合同中有约定不支付违约金，但该约定可能因违反法律强制性规定而无效。

4. 法律建议：

   • 如果您遇到了逾期办不动产证且卖方拒绝支付违约金的情况，建议您首先尝试与卖方进行友好协商，寻求妥善解决方案。
   • 若协商无果，您可以着手收集相关证据，如购房合同、付款凭证、催告记录等，然后向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过法律手段来维护您的合法权益。

综上所述，逾期办不动产证约定不支付违约金通常是不合法的。在合同签订和履行过程中，双方应严格遵守法律规定和合同约定，确保各自权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。