关于食品安全行政处罚中违法所得的认定问题，核心结论如下：
在食品安全违法案件中，违法所得的认定通常按照全部收入说，即销售价格不扣除成本计算。
以下是对此结论的详细解释：
法律依据与解释：
- 根据国家市场监管总局的答复，《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》不适用于食品安全违法案件。这意味着，在食品安全违法案件的办理中，不能依据该办法来计算违法所得。
- 在没有具体规定的情况下，建议按照全部收入说来计算违法所得，即销售价格不扣除成本。这是当前执法实践中的通常做法。
实践应用：
- 在实际的食品安全行政处罚案件中，执法机关会依据上述原则来计算违法所得，并据此作出相应的行政处罚决定。
- 对于食品生产经营者来说，了解这一计算原则对于评估自身的法律风险、制定合规策略具有重要意义。
综上所述，食品安全行政处罚中的违法所得认定问题，关键在于理解并遵循国家市场监管总局的指导意见，即按照全部收入说来计算违法所得。如有进一步疑问或需要具体案件的法律咨询，请直接向我提问。