针对您提出的“医疗机构使用过期药品由谁处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规给出的详细解答：

结论前置：医疗机构使用过期药品，将由县级以上人民政府卫生主管部门（如卫生健康局）或药品监督管理部门进行处罚。

具体处罚措施及依据：

1. 行政处罚：

   • 依据：《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条规定，生产、销售劣药的（过期药品按劣药论处），没收违法药品及违法所得，并处货值金额十倍以上二十倍以下的罚款；违法零售的药品货值金额不足一万元的，按一万元计算。
   • 措施：没收过期药品及违法所得，并处以货值金额10~20倍的罚款（最低罚款1万元）。

2. 刑事责任：

   • 依据：若使用过期药品造成严重后果（如患者重伤、死亡），可能构成生产、销售劣药罪，依据《刑法》相关规定进行处罚。
   • 措施：处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重者，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 附加处罚：

   • 情节严重者，责令停产停业整顿直至吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证（即吊销《医疗机构执业许可证》）。
   • 直接责任人员可能被吊销医师执业证书，并纳入行业黑名单。

实际案例参考：

• 案例1：某诊所因使用过期注射液被查，货值金额500元，最终被处以10万元罚款，并吊销执业许可证。
• 案例2：某医生为患者注射过期疫苗致其过敏休克，除民事赔偿外，涉事医生被判有期徒刑一年，诊所被永久关闭。

合规建议：

1. 严格药品管理：建立药品效期预警系统，定期检查库存，确保药品在有效期内使用。
2. 加强员工培训：定期组织法律法规培训，明确使用过期药品的法律风险，提高员工合规意识。
3. 完善追溯机制：确保药品采购、存储、使用全流程可追溯，便于问题排查和责任追究。

综上所述，医疗机构使用过期药品将面临严格的法律处罚，包括行政处罚、刑事责任以及附加处罚。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，加强药品管理，确保患者用药安全。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。