农民专业合作社经济组织的法定代表人的妻子，在法律上是可以作为代理人的。但具体能否担任，还需考虑实际情况和法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
法律资格：从法律资格的角度来看，法定代表人的妻子作为具有完全民事行为能力的自然人，具备担任代理人的基本法律条件。我国法律并未明确禁止法定代表人的亲属担任代理人。
代理权限：然而，是否能作为代理人还需看具体的代理事项和授权情况。如果农民专业合作社经济组织需要委托代理人进行某项法律行为，如签订合同、参与诉讼等，那么需要法定代表人明确授权，并明确代理人的权限范围。在这种情况下，法定代表人的妻子可以作为被授权人，行使相应的代理权限。
潜在风险与考量：虽然法律上允许，但在实际操作中，农民专业合作社经济组织可能需要考虑一些潜在的风险和利益冲突。例如，如果法定代表人的妻子同时担任组织内的其他关键职务，可能会存在职权混淆、利益冲突等问题。因此，在决定是否由法定代表人的妻子担任代理人时，应综合考虑组织的实际情况和潜在风险。
综上所述，农民专业合作社经济组织的法定代表人的妻子在法律上是可以作为代理人的，但具体能否担任还需根据组织的实际情况、代理事项以及潜在风险等因素进行综合考虑和决策。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。