公司申请破产清算后，主要由法院指定的破产管理人负责清算工作。以下是关于公司破产清算负责主体的详细解释：
破产管理人的角色与职责：
- 破产管理人是由法院依法指定的，全面接管破产企业并负责清算工作的专业机构或个人。
- 其职责包括全面接手破产企业的管理，对企业的资产进行彻底清查，处理各种破产事务，如清理、评估和变卖企业财产，调查债权债务情况，收取债权并按法定顺序清偿债务等。
其他相关主体及责任：
- 企业的法定代表人、财务部门以及其他经营管理层的成员，有责任积极配合破产管理人的工作，提供必要的资料和信息。
- 债权人会议在破产清算过程中对于一些重大事项具有投票表决的权利。
- 人民法院将全程监督破产清算的全过程，以保证整个流程的合法性、公正性以及有序性。
综上所述，公司申请破产清算后，清算工作主要由法院指定的破产管理人负责，并在其他相关主体的配合和人民法院的监督下进行。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。