关于您提出的“疾病治疗横跨同一公司的两份保险合同，免赔额能否重复适用”的问题，我的结论是：通常情况下，免赔额不能在同一公司的两份保险合同中重复适用。以下是对这一结论的详细解释：

1. 保险合同的基本原则：

   • 保险合同是投保人与保险公司之间基于特定条款和条件订立的协议。
   • 免赔额是保险合同中规定的一个额度，低于该额度的损失，保险公司通常不予赔付，由被保险人自行承担。

2. 免赔额的设置目的：

   • 免赔额的设置是为了减少小额赔付的发生，降低保险公司的运营成本。
   • 它同时鼓励被保险人承担一定的风险，增强风险意识。

3. 同一公司两份保险合同的免赔额适用：

   • 当疾病治疗横跨同一公司的两份保险合同时，通常意味着被保险人可能拥有两份不同的保险计划或保障。
   • 在这种情况下，免赔额通常不会重复适用。因为免赔额是针对单次损失或单次治疗设置的，而不是针对每份合同分别设置的。
   • 如果允许免赔额重复适用，那么被保险人可能会通过购买多份保险来获得不必要的重复赔付，这与保险的基本原则相违背。

4. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况。比如，某些保险产品可能具有特殊的条款，允许在特定情况下免赔额重复适用或有所减免。
   • 但这种情况通常会在保险合同中明确说明，且较为罕见。

综上所述，通常情况下，疾病治疗横跨同一公司的两份保险合同时，免赔额不能重复适用。如果您有具体的保险合同条款或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的解答。