当职工同时患有两种职业病时，赔偿的流程与患有一种职业病时大致相同，但具体赔偿金额和细节可能会因职业病的种类、伤残等级以及对劳动能力的影响程度而有所不同。以下是详细的解答步骤：
一、赔偿流程
职业病诊断与鉴定：
- 职工需首先到具有职业病诊断资质的医疗机构进行职业病诊断。
- 若确诊为职业病，需进一步进行职业病鉴定，以明确职业病的种类、程度等。
工伤认定申请：
- 用人单位应在规定时间内（通常为职工被确诊职业病后的一段时间内）向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若用人单位未按规定时间申请，职工或其近亲属可自行向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
劳动能力鉴定：
- 工伤认定后，职工需进行劳动能力鉴定，以确定其伤残等级和丧失劳动能力的程度。
- 劳动能力鉴定结果将作为赔偿标准的重要依据。
二、赔偿项目与标准
医疗费用：
- 职工因治疗职业病产生的合理医疗费用，包括挂号费、药费、检查费等，需凭有效票据进行报销。
停工留薪期工资：
- 职工因职业病需要暂停工作接受治疗期间，用人单位应按照其原工资福利待遇发放工资。
- 停工留薪期的具体时长由医疗机构根据职工的治疗情况确定。
伤残津贴：
- 职工被评定为伤残等级后，将按照相应比例发放伤残津贴。
- 伤残津贴的发放标准根据伤残等级和当地相关规定确定。
一次性伤残补助金：
- 根据伤残等级，职工将获得一次性伤残补助金。
- 补助金的金额根据伤残等级和当地相关规定确定，通常为职工本人工资的一定月数。
生活护理费（如适用）：
- 若职工因职业病导致生活不能自理，将根据其生活自理障碍程度支付生活护理费。
三、特殊情况处理
- 对于同时患有两种职业病的职工，劳动能力鉴定时会综合考量两种职业病对劳动能力的影响，并据此确定伤残等级和赔偿标准。
- 若两种职业病导致更高的伤残等级或更严重的劳动能力丧失，各项赔偿金额将相应提高。
四、注意事项
- 职工应妥善保留所有与治疗职业病相关的票据和资料，以便在赔偿时提供有效证据。
- 若用人单位拒绝按规定处理赔偿事宜，职工可通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，同时患有两种职业病的职工在赔偿时，需按照上述流程进行申请和鉴定，并根据劳动能力鉴定结果确定具体的赔偿项目和标准。在整个过程中，职工应密切关注自己的权益，确保获得应有的赔偿。