亲子鉴定不允许私底下暗箱操作。以下是详细分析：

一. 亲子鉴定的法律要求和规范

1. 亲子鉴定是一项严肃的法医学鉴定工作，必须遵循严格的法律程序和科学规范。《司法鉴定程序通则》等法规对亲子鉴定的程序、方法、结果报告等均有明确规定，以确保鉴定结果的准确性、公正性和合法性。
2. 正规的亲子鉴定机构需要具备相应的资质和认证，鉴定人员也需要具备专业的技能和资格。这些机构和人员必须遵守相关法律法规和行业规范，不得进行任何形式的暗箱操作。

二. 暗箱操作的法律后果

1. 如果亲子鉴定机构或人员存在暗箱操作等违法行为，将严重损害鉴定结果的公信力，并可能引发法律纠纷和社会信任危机。
2. 一旦发现暗箱操作等违法行为，相关部门将依法对涉事机构和人员进行严厉处罚，包括吊销资质、罚款、甚至刑事责任等。

三. 如何确保亲子鉴定的公正性

1. 选择正规的亲子鉴定机构，查看其资质和认证情况，确保机构具备进行亲子鉴定的合法资格。
2. 了解鉴定程序和方法，确保鉴定过程符合科学规范和法律要求。
3. 对鉴定结果保持理性态度，如有异议可通过合法途径提出申诉或复议。

我的观点：亲子鉴定是一项严肃的法律行为，必须遵循严格的法律程序和科学规范。任何形式的暗箱操作都是不允许的，也是违法的。为了确保亲子鉴定的公正性和准确性，我们应该选择正规的鉴定机构，并了解相关程序和方法。如有任何疑问或异议，应通过合法途径进行解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。