针对你提出的“法院执行48000调解拿三万被扣了三万九怎么办”的问题，首先我们要明确一点：如果你在执行过程中发现被扣除的金额与应执行的金额不符，这很可能意味着存在执行错误或其他问题。以下是我为你提供的具体建议：

1. 核实执行金额：

   • 首先，你需要核实法院的执行通知书或相关文件，确保被执行的金额48000元是正确的，并且你实际支付的3万元与被扣除的3.9万元之间的差额是否确实存在。

2. 联系执行法院：

   • 如果发现确实存在执行错误，你应立即联系执行法院，说明情况并要求法院进行核查。法院会根据实际情况进行更正或解释。

3. 申请执行异议：

   • 如果法院未能给出满意的解释或更正，你可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院提出执行异议。执行异议是执行过程中当事人对执行行为或执行标的提出的书面异议，法院会对异议进行审查并作出裁定。

4. 寻求法律援助：

   • 在整个过程中，如果你感到困惑或无法自行处理，可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询，帮助你理解法律程序，并代表你与法院沟通。

5. 注意保留证据：

   • 在处理此类问题时，务必保留好所有相关证据，如执行通知书、支付凭证、与法院的沟通记录等。这些证据在后续处理中可能会起到关键作用。

综上所述，如果你发现法院在执行过程中存在错误或不当行为，应及时采取措施维护自己的合法权益。作为专业律师，我随时准备为你提供法律援助和咨询。如果你有任何进一步的问题或需要更详细的解释，请随时向我提问。