物流公司克扣员工工资，员工可以依法向劳动行政部门投诉，要求物流公司限期支付克扣的工资，并可能获得赔偿金。

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
2. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
3. 《中华人民共和国劳动法》第九十一条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

二. 处理步骤

1. 收集证据：首先，你需要收集所有与工资支付有关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明物流公司克扣了你的工资。
2. 向劳动行政部门投诉：携带收集到的证据，向当地的劳动行政部门投诉，要求他们介入调查并责令物流公司支付克扣的工资。
3. 申请赔偿金：如果物流公司逾期不支付克扣的工资，你可以根据《劳动合同法》第八十五条的规定，向劳动行政部门申请赔偿金。

三. 实际案例

• 例如，某物流公司员工小李发现公司克扣了他的工资，他首先收集了工资条和银行转账记录作为证据，然后向当地的劳动行政部门投诉。经过调查，劳动行政部门确认物流公司存在克扣工资的行为，并责令其限期支付。最终，小李不仅拿回了被克扣的工资，还获得了相应的赔偿金。

我建议，在处理此类问题时，一定要保留好所有与工资支付有关的证据，并及时向劳动行政部门投诉，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。