您应当首先核实扣款明细，并尽快与京东白条客服或相关部门取得联系，明确扣款原因及多扣款项的退回流程。以下是对此问题的详细分析：

一. 核实扣款明细

• 您应当仔细查看银行扣款记录，确认扣款的具体金额、时间以及扣款方是否为京东白条或相关金融机构。
• 核对京东白条的账单，查看是否有误扣或多扣的情况。

二. 与京东白条客服联系

• 在确认扣款异常后，您应第一时间联系京东白条的客服部门，说明情况并请求处理。
• 提供您的扣款记录、账单信息以及个人身份信息，以便客服人员能够准确核实并处理您的问题。

三. 请求退回多扣款项

• 如果经核实确认京东白条确实存在多扣款项的情况，您应要求京东白条立即退回多扣的资金。
• 京东白条客服人员会告知您具体的退款流程和时间，您需按照要求进行操作并等待退款到账。

四. 法律依据与权益保护

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。如果京东白条未经您同意擅自多扣款项，可能构成违约行为。
• 您有权要求京东白条按照合同约定履行义务，并退回多扣的资金。如果京东白条拒绝处理或处理不当，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

五. 后续建议

• 在问题得到妥善解决后，建议您继续关注京东白条的账单和扣款情况，确保不再出现类似问题。
• 同时，您也可以考虑咨询银行或相关金融机构，了解如何更好地管理自己的账户和资金安全。

综上所述，面对京东白条逾期3000却扣了9000多的情况，您应首先核实扣款明细，并与京东白条客服取得联系明确扣款原因及退款流程。如有进一步需要，您可以继续咨询我。