电子文件被修改，并不一定会影响其法律效力。具体是否影响，需要从以下几个方面进行深入分析：

1. 修改的内容与性质：

   • 如果修改的内容是关于合同的核心条款，如价款、履行期限、违约责任等，且这些修改未经合同双方协商一致，那么这种修改很可能会影响合同的法律效力，甚至可能导致合同部分或全部无效。
   • 如果修改的内容是细微的、非实质性的，或者只是对原有内容的澄清或补充，且不影响合同的整体意思和双方的权利义务，那么这种修改通常不会影响合同的法律效力。

2. 修改的方式与程序：

   • 如果合同明确约定了修改的方式和程序，如需要双方书面签字确认，那么任何未经此程序的修改都是无效的。
   • 如果没有明确的约定，但根据行业惯例或法律法规，某些类型的合同修改需要履行特定的程序（如备案、公证等），那么未履行这些程序的修改也可能影响合同的法律效力。

3. 电子文件的法律效力本身：

   • 电子文件在符合相关法律法规的要求下，是可以具有法律效力的。例如，根据《中华人民共和国电子签名法》，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。
   • 但是，如果电子文件本身存在瑕疵，如电子签名不真实、不完整或已被篡改，那么这份电子文件的法律效力就会受到质疑。

4. 证据的证明力：

   • 在诉讼或仲裁中，修改后的电子文件作为证据的证明力可能会受到质疑。特别是当对方当事人对修改内容不认可时，法院或仲裁机构可能会要求提供其他证据来佐证修改的有效性和合法性。

综上所述，电子文件被修改后是否影响法律效力，需要根据具体情况来判断。如果合同双方对修改内容有争议，建议尽快咨询专业律师进行法律评估和风险防控。在我擅长的合同纠纷领域，我可以为你提供更详细的法律分析和建议。