针对医保诈骗罪，若药店店长涉及其中，其处理方式将依据相关法律法规及具体违规情节而定。以下是对此类情况的一般处理流程和相关建议：
一、法律法规依据
首先，需要明确的是，医保诈骗罪属于刑事犯罪，依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行处罚。同时，《医疗保障基金使用监督管理条例》也对定点医药机构（包括药店）的违规行为进行了详细规定，并明确了相应的法律责任。
二、处理流程
调查取证：
- 医保部门或相关部门接到举报或发现异常后，会启动调查程序。
- 调查过程中，会收集证据，包括交易记录、监控录像、证人证言等。
违规认定：
- 根据调查取证的结果，医保部门会认定药店店长是否存在违规行为。
- 若认定违规，会进一步确定违规的性质和严重程度。
行政处罚：
- 对于违规的药店店长，医保部门可能会依据《医疗保障基金使用监督管理条例》的规定，责令退回骗取的医保基金，并处以罚款。
- 同时，可能会暂停或解除药店的医保服务协议，甚至吊销其执业资格。
刑事追责：
- 若药店店长的行为构成医保诈骗罪，将依法移送司法机关处理。
- 司法机关会依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对药店店长进行审判，并作出相应的刑事判决。
三、相关建议
加强合规意识：
- 药店店长应增强合规意识，严格遵守医保政策和相关法律法规。
- 定期组织员工进行培训，提高整个药店的合规水平。
完善内控制度：
- 药店应建立完善的内控制度，确保医保基金的安全使用。
- 加强对医保卡、药品销售等关键环节的管理和监督。
积极配合调查：
- 若药店店长被涉嫌违规，应积极配合医保部门或相关部门的调查。
- 如实提供相关资料和证据，以便尽快查明事实真相。
及时整改：
- 若被发现存在违规行为，药店店长应立即进行整改。
- 采取措施纠正错误行为，防止类似问题再次发生。
综上所述，对于医保诈骗罪中涉及的药店店长，将依据相关法律法规进行严肃处理。同时，药店店长也应加强合规意识、完善内控制度、积极配合调查并及时整改，以确保医保基金的安全使用。