倒卖假烟的指挥者通常会被认定为主犯。在刑事案件中，主犯是指组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的或者在共同犯罪中起主要作用的犯罪分子。对于倒卖假烟这类犯罪活动，指挥者往往负责整个犯罪活动的策划、组织、指挥和协调，其行为对犯罪的实施和完成起着决定性的作用。

具体来说，如果某人被认定为倒卖假烟犯罪活动的指挥者，且其行为符合主犯的构成要件，那么该人就很可能会被认定为主犯。这意味着，该人将承担更重的刑事责任，包括可能面临更严厉的刑罚。

当然，在具体的刑事案件中，对于主犯的认定还需要结合案件的具体情况进行综合判断。例如，要考察指挥者在犯罪活动中的地位、作用、参与程度以及犯罪情节等因素。如果指挥者的行为并未起到主要作用，或者存在其他共同犯罪人起到了更为关键的作用，那么指挥者可能就不会被认定为主犯。

总之，倒卖假烟的指挥者通常会被认定为主犯，但具体认定还需要结合案件的具体情况进行综合判断。如果你或你身边的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解相关法律规定并寻求合适的法律帮助。