摩托车逆行扣3分可以通过手机APP“交管12123”进行处理。具体步骤如下：

1. 下载并登录APP：

   • 首先，在手机应用商店下载“交管12123”APP，安装完成后，根据提示进行注册和登录。

2. 查询违法记录：

   • 登录后，在APP首页或相关菜单中找到“违法处理”或“违法查询”功能，点击进入。
   • 系统会显示你的车辆所有违法记录，找到逆行扣3分的记录，点击查看详情。

3. 处理违法记录：

   • 在违法记录详情页，会有处理该违法的选项，如“处理并缴款”。
   • 点击后，系统会提示你确认违法信息，并告知需要缴纳的罚款金额。

4. 缴纳罚款：

   • 确认无误后，选择支付方式（如支付宝、微信等），按照提示完成罚款缴纳。
   • 缴纳成功后，系统会更新违法处理状态，并可能发送处理成功的通知。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第八十七条，公安机关交通管理部门及其交通警察对道路交通安全违法行为，应当及时纠正，并依法给予处罚。通过手机APP处理违法记录，是公安机关交通管理部门提供的一种便捷服务方式。
• 同时，根据该法第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。逆行扣3分并罚款，是依据此法规进行的处罚。

我建议：在处理完违法记录后，务必确认罚款是否已成功缴纳，并留意记分周期内的记分情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。