公证机构在履行其职责时，需承担一系列义务以确保公证活动的合法性、公正性和有效性。这些义务主要包括：

1. 依法办理公证：公证机构必须严格按照国家法律法规的规定办理公证事务，确保公证活动的合法性和合规性。

2. 真实、合法性审查：公证机构在办理公证时，有义务对当事人的身份、行使权利、履行义务的能力进行审查，同时对申请公证的事实和文书以及有关文件的真实性、合法性进行严格审查。这是确保公证内容真实、合法的重要环节。

3. 保密义务：公证机构及公证人员必须对在公证过程中知悉的当事人的个人信息、商业秘密等予以严格保密，不得泄露给任何第三方。这是保护当事人隐私和商业秘密的重要法律义务。

4. 出具公证书：对于符合法律规定的公证申请，公证机构有义务及时出具公证书，以证明相关法律行为、有法律意义的文书和事实的真实性、合法性。公证书是公证机构履行其职责的重要法律文件。

5. 拒绝不真实、不合法的公证：对于不真实、不合法的公证申请，公证机构有权且必须拒绝办理，并应向当事人说明拒绝的理由和申诉程序。这是维护公证活动公正性和有效性的重要措施。

6. 收费合理：公证机构在办理公证事务时，应按照规定的收费标准收取费用，并确保收费的合理性和透明性。这是维护当事人合法权益和公证机构正常运作的重要保障。

综上所述，公证机构的义务涵盖了依法办理公证、真实合法性审查、保密、出具公证书、拒绝不真实不合法的公证以及收费合理等多个方面。这些义务共同构成了公证机构履行职责的法律基础和行为准则。