在租房合同中写明押金为三千元，但实际支付了两千元的情况下，一般以实际支付的金额为准，即押金为两千元。不过，这也取决于具体的合同条款和双方当事人的真实意图。

1. 合同条款解释：

   • 如果合同中明确规定了押金金额，但实际支付金额与合同约定不符，且双方对此有明确的书面或口头约定，那么实际支付的金额可能会被视为双方对合同押金条款的变更。
   • 如果没有明确的书面或口头约定，仅仅是因为支付时的疏忽或误解，那么原则上应以合同约定的金额为准。但在实际执行中，如果出租方接受了低于合同约定的押金，并出具了相应的收据，那么也可以视为双方对押金金额达成了新的合意。

2. 法律建议：

   • 为了避免潜在的纠纷，建议双方尽快就押金金额进行明确沟通，并达成书面协议。
   • 如果出租方坚持要求按照合同约定的金额支付押金，而承租方已经实际支付了低于该金额的押金，双方应协商解决，如补足押金或修改合同条款。
   • 如果双方无法达成一致，可以寻求法律援助或咨询专业律师（在此情况下，可以直接向我咨询），以明确各自的权利和义务。

3. 风险提示：

   • 在签订租房合同时，应仔细审查合同条款，确保押金金额等关键信息准确无误。
   • 实际支付押金时，应保留好支付凭证和收据，以便在发生纠纷时作为证据使用。

综上所述，虽然合同上写明押金为三千元，但实际支付了两千元，且双方对此有明确的认知或约定时，一般以实际支付的金额为准。但为了避免潜在的纠纷，建议双方尽快就押金金额进行明确沟通和协商。