非法经营罪到检察院后的处理方式，主要遵循我国刑事诉讼法的相关规定，以下是详细且清晰的解答：

一、案件审查与起诉

1. 审查起诉：

   • 当非法经营案件移送至检察院后，检察院会开展全面的审查起诉工作。这包括审查公安机关移送的案件材料、证据是否扎实、犯罪事实是否明晰，以及案件的定性是否准确。
   • 在审查过程中，如果检察院认为证据不足或存在其他需要补充侦查的情况，可以要求公安机关进行补充侦查，且最多可以补充侦查两次。

2. 提起公诉：

   • 经过审查，如果检察院认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，会作出起诉决定，并将案件移送至法院进行审理。
   • 在法庭上，检察院将作为公诉方，指控被告人的罪行，并陈述辩论。

二、不起诉决定

• 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
• 不起诉决定需要按照法定程序进行，并告知相关当事人。如果相关人员对不起诉决定不服，还有相应的救济途径，如向上级检察院申诉等。

三、后续流程与当事人权利

1. 法院审理：

   • 案件移送至法院后，法院将对案件进行审理，并根据审理情况依法作出判决。
   • 当事人对判决结果不服的，可以在规定时间内提起上诉。

2. 当事人权利保障：

   • 在整个刑事诉讼过程中，当事人享有多种权利，如知情权、辩护权、申诉权等。
   • 当事人应积极配合检察院和法院的工作，同时也可以通过合法途径维护自己的合法权益。

四、其他注意事项

• 金额认定与量刑：在非法经营案件中，非法经营的金额认定对于后续的量刑具有重要影响。检察院在审查案件时，会详细审查相关证据，以确定非法经营的金额。
• 从轻、减轻处罚情节：检察院在审查案件时，还会考量犯罪嫌疑人是否存在从轻、减轻处罚的情节，如自首、立功等。

综上所述，非法经营罪到检察院后的处理方式主要包括审查起诉、提起公诉、不起诉决定以及后续的法院审理和当事人权利保障等。当事人应积极配合相关部门的工作，并依法维护自己的合法权益。