营业执照贷款还不上，有可能会导致自建房房产被查封，但具体是否会被查封取决于多个因素。

首先，我们要明确的是，贷款还不上属于违约行为，银行或金融机构有权采取一系列措施来追回欠款，包括但不限于提起诉讼、申请强制执行等。在这些措施中，查封财产是一种常见的手段。

然而，是否真的会查封自建房房产，以及查封的具体程序，会受到以下几个因素的影响：

1. 贷款合同的约定：

   • 贷款合同中可能会明确约定在借款人违约时，银行或金融机构有权采取哪些措施，包括查封财产。
   • 如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么银行或金融机构在借款人违约时，有权按照合同约定采取查封等措施。

2. 债权的性质：

   • 如果贷款是属于有财产担保的债权（如抵押贷款），且自建房房产是抵押物，那么在借款人违约时，银行或金融机构更有可能采取查封等措施来保障其债权的实现。
   • 如果贷款是属于无财产担保的债权，那么银行或金融机构在采取查封等措施时，可能会受到更多的限制和程序要求。

3. 法律程序的要求：

   • 查封财产是一种法律强制措施，必须按照法定的程序和要求进行。
   • 银行或金融机构在申请查封时，需要向法院提交相应的申请材料，并经过法院的审查和裁定。
   • 只有在法院裁定同意查封后，银行或金融机构才能采取具体的查封措施。

4. 其他相关因素：

   • 借款人的还款意愿和能力、银行或金融机构的催收策略、自建房房产的价值和性质等，也可能对是否会被查封产生影响。

综上所述，营业执照贷款还不上确实有可能导致自建房房产被查封，但具体是否会被查封以及查封的程序和结果，都需要根据具体情况来分析。如果你面临这样的问题，建议尽快与银行或金融机构沟通协商，寻求解决方案，并咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。