公司破产时，部分厂房在个人名下通常不会被直接拍卖，但存在特殊情况。以下是详细分析：

1. 一般情况：

   • 公司破产时，其财产将用于清偿债务。破产管理人会按照法定程序对公司的财产进行清理、估价和处理。
   • 如果厂房登记在个人名下，且没有与公司债务产生直接关联（如未为公司债务提供担保），那么这些厂房通常不会被纳入破产清算的范围。

2. 特殊情况：

   • 财产混同：如果公司财产与法人或股东个人财产界限不清，存在财产混同的情况，为保障债权人利益，个人名下的厂房有可能被拍卖用于偿还公司债务。
   • 提供担保：如果个人为公司债务提供了担保，并且公司破产无法清偿债务，债权人有权要求拍卖用于担保的厂房以实现债权。
   • 恶意转移财产：如果法人在公司破产过程中存在恶意转移财产等违法行为，导致公司资产受损，法院也可能根据具体情况决定拍卖法人的厂房来弥补公司债务缺口或恢复公司资产。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产管理人有权对企业的财产进行管理和处置，以清偿企业所欠债务。但这一权力并不直接延伸至个人财产，除非存在上述特殊情况。

综上所述，公司破产时，部分厂房在个人名下通常不会被直接拍卖。但如果存在财产混同、提供担保或恶意转移财产等特殊情况，这些厂房有可能被拍卖用于偿还公司债务。因此，在具体情况下，需要综合考虑法律规定和具体事实来判定。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的咨询，请直接向我提问。