纪检部门不会没收银行里的合法所得。下面我详细为你解释一下这个问题：

首先，我们要明确纪检部门的职责和权限。纪检部门主要负责党的纪律检查工作，对党员干部的违纪行为进行查处。在查处过程中，如果涉及到财产问题，纪检部门会依法进行调查，但并不会直接没收财产。

其次，对于银行里的存款或财产，如果是合法所得，那么无论纪检部门还是其他任何部门，都没有权力进行没收。合法所得是受到法律保护的，任何部门或个人都不能随意侵犯。

当然，如果纪检部门在调查过程中发现党员干部存在违纪行为，并且这些违纪行为与财产有关，比如贪污、受贿等，那么纪检部门会依法将这些线索移送司法机关处理。司法机关在依法审判后，如果认定这些财产是违法所得，才会进行没收。

所以，你不用担心纪检部门会没收你银行里的合法所得。如果你的财产是合法的，那么无论是纪检部门还是其他任何部门，都不会对你进行没收。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会尽我所能为你解答。