协商还款后，一般是可以申请撤销的。以下是详细解释：

在民事诉讼中，原告具有撤诉的权利。当双方已经协商好还款事宜，并且款项已经还清，那么纠纷就已经得到了解决。在这种情况下，原告可以向法院提交撤诉申请，说明双方已经达成和解且债务已经履行完毕，请求撤回起诉。法院在审查撤诉申请后，如果认为撤诉不损害国家、集体和他人的合法权益，通常会裁定准许撤诉，撤诉后诉讼程序即告终结。

然而，也需要注意一些特殊情况。比如，如果案件是小额诉讼等适用一审终审的案件，那么原告不能撤诉，只能申请撤回上诉。此外，撤诉需要在法院宣判前提出，如果法院已经宣判，那么就不能再申请撤诉了。

综上所述，协商还款后，在符合相关法律规定的情况下，原告是可以申请撤销诉讼的。如果你有更具体的情况或者疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况给出更详细的解答。