甲方公司审计时，乙方并不一定必须配合，这主要取决于双方之间的合同约定以及法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同约定
合同中有明确约定：如果甲乙双方在合同中明确约定了审计条款，例如甲方有权对乙方进行审计，乙方需配合提供相关资料等，那么乙方在合同约定的范围内必须配合甲方的审计。这是基于合同法的原则，即双方应当按照合同约定履行各自的义务。
合同中没有明确约定：如果合同中没有明确约定审计条款，那么乙方就没有法律上的义务必须配合甲方的审计。此时，乙方可以根据自身情况和意愿决定是否配合审计。
二. 法律法规规定
特定行业或领域的法律法规：在某些特定行业或领域，可能存在相关的法律法规要求乙方必须配合甲方的审计。例如，在金融、证券等领域，监管机构可能要求相关企业进行定期审计，并规定被审计方需配合提供相关资料。在这种情况下，乙方必须遵守法律法规的规定，配合甲方的审计。
一般法律法规：在一般法律法规层面，并没有明确规定乙方必须配合甲方的审计。因此，除非合同中有明确约定或特定行业法律法规有要求，否则乙方没有法律上的义务必须配合。
综上所述，乙方是否必须配合甲方的审计主要取决于双方之间的合同约定以及法律法规的规定。如果合同中有明确约定或特定行业法律法规有要求，乙方需配合审计；否则，乙方可以根据自身情况和意愿决定是否配合。我建议双方在签订合同时，应明确约定审计条款，以避免后续产生不必要的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。