被拘留5天是否会配合调查留下案底，主要取决于拘留的性质及后续的法律程序。以下是详细分析：
行政拘留：
- 行政拘留是一种行政处罚，针对的是违反治安管理但尚不构成犯罪的行为。
- 行政拘留不会留下刑事案底，但会在公安机关留下记录。
- 这种记录对个人的日常生活通常不会产生重大影响，但在报考某些特殊岗位或开具无违法犯罪记录证明时，可能会受到一定限制。
刑事拘留：
- 刑事拘留是公安机关、人民检察院在侦查过程中，对现行犯或重大嫌疑分子所采取的临时剥夺其人身自由的强制方法。
- 如果只是单纯被刑事拘留5天，之后没有被追究刑事责任（如公安机关撤销案件、检察院决定不起诉或法院判决无罪等），则不会留下犯罪案底。
- 若后续被法院判决有罪，则会留下案底，这可能会对个人的未来生活、工作等产生一定影响。
综上所述，被拘留5天是否会留下案底，需要看具体是哪种拘留以及后续的法律程序。如果是行政拘留，通常不会留下刑事案底；如果是刑事拘留，但未被追究刑事责任，也不会留下案底。若对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会为你提供专业的解答。