公司贷款逾期不会直接从微信扣款。详细分析如下：

1. 贷款与微信的独立性：

   • 公司贷款通常是由银行等金融机构提供的，而微信是腾讯公司运营的第三方支付平台，两者在金融体系上是独立的。
   • 正常情况下，银行或金融机构没有直接从微信账户中扣除款项的权限，它们只能对与公司贷款绑定的银行账户进行扣款操作。

2. 支付清算体系的规定：

   • 我国的支付清算体系有着严格的规定和监管要求，各金融机构和支付机构必须遵守。
   • 未经用户授权和相关法定程序，银行或金融机构不能随意从第三方支付平台账户（如微信）中划扣资金，这是为了保障用户资金的安全和合法权益。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果公司贷款逾期，并且银行或金融机构通过法律途径追讨欠款，获得了法院的判决和执行权，那么法院在执行过程中有权查询、冻结、划拨被执行人名下的财产，包括微信钱包里的资金。但这需要一系列的法律程序，并且微信钱包必须与被执行人的实名认证信息一致。

4. 对微信支付功能的影响：

   • 在某些极端情况下，如公司贷款逾期导致法律纠纷，且银行或金融机构胜诉并申请强制执行，微信在接到法院的相关通知后，可能会根据法院的要求对被执行人的微信支付功能进行限制，如冻结账户、限制交易等。但这并不意味着微信会直接扣款，而是影响了微信钱包内资金的使用。

我建议：为避免公司贷款逾期带来的不良后果，公司应确保按时偿还贷款，并维护良好的信用记录。同时，应谨慎管理公司的财务和资金，避免涉及法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。