员工仲裁给公司作证一般不会有直接影响，但需要遵循一定的程序和注意事项。

首先，我们要明确一点，员工作为证人参与劳动仲裁，其提供的证言应当真实、客观，反映其所了解的事实情况。员工作证并不直接涉及其与公司的劳动关系或利益，因此一般不会对其在公司的工作产生直接影响。

然而，在作证过程中，员工需要注意以下几点：

1. 确保证言的真实性：员工提供的证言必须真实可靠，不得虚构或夸大事实。如果证言被证实为虚假，员工可能会面临法律责任，包括但不限于被追究伪证责任。

2. 遵循仲裁程序：员工在作证时，需要遵循劳动仲裁的程序规定，如按时出庭、接受询问等。如果员工无正当理由拒不出庭或拒绝作证，可能会影响仲裁的顺利进行，甚至可能导致仲裁机构对其作出不利推断。

3. 保护个人权益：员工在作证时，也应当注意保护自己的合法权益。例如，如果员工认为作证可能会泄露其个人隐私或商业秘密，可以向仲裁机构申请保密措施。

关于如何办理员工仲裁给公司作证的具体程序，一般可以按照以下步骤进行：

1. 接收通知：员工在收到仲裁机构或公司的通知后，应当及时了解作证的相关要求和程序。

2. 准备证言：员工应当根据自己所了解的事实情况，准备真实、客观的证言。如果可能的话，可以事先与律师或法律顾问进行沟通，以确保证言的准确性和合法性。

3. 出庭作证：在仲裁庭审过程中，员工应当按照仲裁机构的要求出庭作证，并接受询问。在作证时，员工应当保持冷静、客观，如实陈述事实。

4. 履行义务：作证结束后，员工应当履行相关的义务，如签署证言笔录等。

总之，员工仲裁给公司作证一般不会有直接影响，但需要遵循一定的程序和注意事项。如果员工有任何疑问或担忧，可以及时向我咨询，我会提供专业的法律建议和支持。