父亲小时候有案底但已死亡，一般不会影响子女。具体分析如下：

一. 案底对子女的影响通常体现在特定情境下

• 案底，即犯罪记录，一般会在特定情境下对子女产生影响，如子女报考公务员、警校、军校、银行招聘、国企招聘等时，政审环节可能会要求提供父母的无犯罪记录证明。

二. 父亲已死亡，其案底对子女的影响有限

• 在大多数情况下，父亲已死亡，其过去的犯罪记录不会对子女的日常生活、工作、学习等产生直接影响。子女的社会活动主要基于其自身的行为和品德，而非父母的过去。
• 特别是在法律上，子女的法律责任和权利是独立的，不会因父母的犯罪记录而受到牵连。

三. 特殊情况下可能的影响

• 虽然父亲已死亡，但在极少数特殊情况下，如子女需要参与某些高度敏感或涉及国家安全的职业或活动，可能会要求提供更详细的家庭背景调查，包括已故父母的犯罪记录。但这种情况非常罕见。

综上所述，父亲小时候的案底，在其已死亡的情况下，一般不会对子女产生实质性影响。子女的未来主要取决于他们自己的行为和选择。如有进一步需要，您可以继续咨询我。