工程保修金一般是工程总造价的3%，而不是5%。这一比例是依据《建设工程质量保证金管理办法》来确定的，该办法规定，发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。如果合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额也不得高于工程价款结算总额的3%。
在具体操作中，工程质保金的预留和返还通常遵循以下原则：
预留比例：工程质保金预留比例不高于工程结算总额的3%，这是为了减轻施工企业的资金压力，同时确保有足够的资金用于维修工程在缺陷责任期内可能出现的缺陷。
缺陷责任期：缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。缺陷责任期直接关系到工程质量保证金的返还时间，关系承包人切身利益。
返还方式：工程质保金通常在工程竣工验收合格后，根据合同约定的方式进行返还。如果采用银行保函替代预留保证金的，保函的有效期应与缺陷责任期一致，到期后承包人有权要求发包人退还保函或解除保函责任。
综上所述，工程保修金一般是工程总造价的3%，这一比例是法定的，并且在实际操作中应严格遵循相关规定，以确保工程质保金的合理预留和及时返还。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。