刑事案件的处理是一个分阶段进行的过程，每个阶段都有其特定的任务和目标，以确保案件的公正、合法处理。关于刑事案件在什么阶段查清，我可以明确告诉你，整个刑事案件的查清过程贯穿于侦查阶段、审查起诉阶段和审判阶段。

1. 侦查阶段：

   • 这是刑事案件处理的初步阶段，主要由公安机关（或其他侦查机关）负责。在此阶段，侦查机关会通过各种侦查措施，如讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查等，来收集犯罪证据，查明案件事实。
   • 侦查阶段结束时，如果案件事实清楚，证据确实、充分，侦查机关会移送人民检察院审查起诉。

2. 审查起诉阶段：

   • 人民检察院会对侦查机关移送的案件进行全面审查，包括犯罪事实是否清楚，证据是否确实、充分，以及犯罪性质和罪名认定是否正确等。
   • 在此阶段，人民检察院可能会进一步讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，以确保案件的公正性。
   • 如果人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，会向人民法院提起公诉。

3. 审判阶段：

   • 人民法院对提起公诉的案件进行审理和裁判。在审判阶段，法院会在控辩双方的参与下，对案件事实、证据进行审查核实。
   • 通过法庭调查、法庭辩论等环节，法院会进一步查明案件事实，确保判决的公正性和准确性。
   • 最终，法院会根据查明的事实和法律规定，作出有罪或者无罪、罪轻或者罪重的判决。

综上所述，刑事案件在侦查阶段、审查起诉阶段和审判阶段都会进行查清工作。每个阶段都有其特定的查清任务和目标，以确保案件的公正、合法处理。如果你或你的亲友面临刑事案件，建议尽早向我咨询，以便更好地了解案件情况、行使合法权利并制定有效的应对策略。