政府部门代理报税是合法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 合法性分析

1. 政府部门的职责：政府部门，特别是税务部门，有责任和义务为纳税人提供税务服务，包括报税指导、咨询等。这是政府部门履行其公共服务职能的一部分。
2. 代理报税的性质：代理报税是一种服务行为，旨在帮助纳税人准确、及时地完成税务申报。当政府部门提供这种服务时，它是基于其法定职责和公共服务使命进行的，因此具有合法性。
3. 法律依据：虽然《中华人民共和国发票管理办法》主要关注的是发票的管理和使用，但它并未禁止政府部门代理报税的行为。实际上，政府部门代理报税是符合税务管理法规和政策精神的，是政府部门为纳税人提供便利和服务的一种体现。

二. 实际操作中的合法性

• 在实际操作中，政府部门代理报税通常是通过官方渠道进行的，如税务部门的官方网站、办税服务厅等。这些渠道都是合法的，且受到严格的监管，确保代理报税服务的合法性和规范性。

综上所述，政府部门代理报税是合法的，它是政府部门履行其公共服务职能的一种表现，且在实际操作中也是通过合法渠道进行的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。