加盟商与总部之间的纠纷，可以根据具体情况选择向以下部门寻求帮助或解决：

1. 商务主管部门（商业特许经营备案管理部门）：

   • 适用情况：加盟合同纠纷涉及商业特许经营活动，需要确认特许人是否具备合法资质（如“两店一年”条件），或特许人未履行信息披露义务或提供虚假信息。
   • 处理依据：根据《商业特许经营管理条例》，商务主管部门负责监管特许经营活动，可对违规特许人进行行政处罚，包括责令改正、罚款、撤销备案等。
   • 行动建议：向当地商务局或市场监管局举报特许人违法行为，并要求商务主管部门介入调查并协调解决纠纷。

2. 市场监督管理部门（工商局）：

   • 适用情况：怀疑特许人存在欺诈、虚假宣传等行为，特许人未依法办理工商登记或备案手续，或合同中存在霸王条款或不公平格式条款。
   • 处理依据：市场监管部门有权查处违法经营行为，维护市场秩序。
   • 行动建议：保存合同、宣传资料等证据并向12315投诉，请求市场监管部门调解纠纷或对违法行为立案查处。

3. 人民法院（司法途径）：

   • 适用情况：协商和行政调解均无法解决问题，需通过诉讼主张解除合同、退还费用或赔偿损失。
   • 法律依据：《民法典》合同编及《商业特许经营管理条例》为加盟合同纠纷提供裁判规则。
   • 行动建议：准备起诉状及相关证据材料（如合同、付款凭证、沟通记录），并根据管辖规定向特许人所在地或合同履行地法院提起诉讼。

4. 其他辅助途径：

   • 消费者协会：适用于加盟商作为消费者权益受损的情况，提供咨询、调解服务，协助收集证据。
   • 行业协会：行业内有自律规范或调解机制，可通过行业组织促成和解。
   • 专业律师：法律关系复杂或需法律风险评估时，可提供诉讼代理、合同审查等专业服务。

综上所述，加盟商与总部之间的纠纷可通过多个途径解决，具体选择哪个部门或途径，需根据纠纷的具体情况和性质来决定。如有需要，可直接向我咨询，我将为你提供更详细的法律建议和帮助。