测绘刑事案件的违法开荒由市（地）级以上自然资源主管部门负责组织实施测绘。以下是对此问题的详细分析：

一. 测绘刑事案件的违法开荒的测绘部门

根据《自然资源违法行为立案查处工作规程（试行）》的相关规定，测绘地理信息类案件一般由单位注册地、办公场所所在地、个人户籍所在地的自然资源部门管辖。而涉及测绘地理信息违法行为认定的，由市（地）级以上自然资源主管部门组织实施，根据需要出具认定意见，也可以委托有关机构出具鉴定意见。

二. 违法开荒的测绘内容

在测绘刑事案件的违法开荒时，测绘的内容可能包括但不限于：

1. 开荒土地的面积：这是衡量违法开荒程度的重要指标之一。
2. 开荒土地的位置：有助于确定违法开荒行为是否发生在禁止开垦的区域。
3. 开荒土地的地貌变化：通过对比开荒前后的地貌变化，可以评估开荒行为对土地造成的破坏程度。

三. 测绘在违法开荒案件中的作用

测绘在违法开荒案件中扮演着至关重要的角色。它不仅为案件的定性提供了科学依据，还为后续的处罚提供了量化标准。通过精确的测绘，可以确保违法开荒行为的处理更加公正、透明。

• 例如，在一起违法开荒案件中，测绘结果显示开荒土地面积达到了数百亩，且位于禁止开垦的区域。这一结果直接支持了案件的定性，并为后续的处罚提供了有力的证据。

四. 建议

如果您发现有人违法开荒，并涉及测绘刑事案件，我建议您及时向当地市（地）级以上自然资源主管部门举报，并提供相关证据和信息，以协助主管部门对违法开荒行为进行查处。

综上所述，测绘刑事案件的违法开荒由市（地）级以上自然资源主管部门负责组织实施测绘。