超过预付款才支付合同条款应当明确约定超过预付款部分的支付条件、方式、时间以及违约责任。具体条款设计如下：

一. 支付条件与方式

1. 明确超过预付款的支付条件：例如，可以约定当合同项下的服务或产品交付达到一定阶段，或经过特定验收标准后，才触发超过预付款部分的支付。

2. 约定支付方式：详细说明支付途径，如银行转账、支票等，并确保该方式与双方的实际操作习惯相符。

• 例如，在一份建筑工程合同中，可以约定：“当工程进度达到80%，并经甲方验收合格后，乙方有权要求甲方支付超过预付款部分的款项。”

二. 支付时间

1. 具体支付时间节点：应明确超过预付款部分的款项在何时支付，可以是具体的日期，或是与合同进度相关联的时间点。

• 例如，“甲方应在乙方提交符合要求的工程进度报告及相应发票后的10个工作日内，支付超过预付款部分的款项。”

三. 违约责任

1. 违约情形：明确如甲方未按时支付超过预付款部分的款项，将构成违约。

2. 违约责任承担：约定违约方应承担的责任，如支付违约金、赔偿损失等，并明确计算方法和标准。

• 例如，“如甲方未按时支付款项，每逾期一日，应向乙方支付逾期金额的万分之五作为违约金。”

四. 其他条款

1. 预付款的抵扣：可以约定在特定条件下，预付款可以抵扣部分或全部后续应付款项。

2. 争议解决：约定在因超过预付款支付问题发生争议时，双方应如何协商解决，或提交仲裁、诉讼等争议解决方式。

综上所述，超过预付款才支付合同条款应详细、明确地约定支付条件、方式、时间以及违约责任，以确保双方权益得到保障。在撰写条款时，建议结合具体合同背景和双方实际需求进行定制，以确保条款的适用性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。